La creación del Seminario Mayor "San Fidel" se debe a la inspirada visión del primer Vicario Apostólico de la Araucanía (actual Diócesis "Sagrado Corazón de Jesús" de Villarrica), Monseñor Guido Beck de Ramberga. Ante las enormes exigencias de un territorio de misión, como el que se le confiaba, se da cuenta de la importancia de la formación del personal apostólico.
Formar sacerdotes diocesanos para la Araucanía fue el objetivo que asignó Monseñor Guido al Seminario Mayor. Es preciso destacar que Monseñor Guido Beck era misionero capuchino, sin embargo, siempre pensó el Seminario como entidad diocesana y no de la Orden. El 25 de mayo de 1925 creaba el Seminario nombrándole como santos patronos a San Juan María Vianney, el Cura de Ars y a San Fidel de Sigmaringa.
Su primer Rector fue el Hermano Antonio Vogt de Reichenhall.
Varios son los rectores que ha tenido esta casa de formación sacerdotal. Cabe mencionar a los dos señores Obispos: Monseñor Guido Beck de Ramberga y Monseñor Guillermo Hartl de Laufen. Destacada ha sido la rectoría del Reverendo Padre Luis Beltrán Riedl y del Reverendo Padre Isidoro Schwamm.
Actualmente conduce el Seminario el Rector, Pbro. Andrés Maricán y los formadores Pbro. Alejandro Gutiérrez y Diácono en tránsito Javier Silva todos ex alumnos de esta casa de formación sacerdotal. Después de haber permanecido 80 años en San José de la Mariquina, a partir de enero del año 2005 está ubicado en sus nuevas dependencias en Licanco, comuna de Padre Las Casas.
Su obispo responsable es Monseñor Francisco Javier Stegmeier, quien asumió como obispo de Villarrica el 19 de abril de 2009.
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